此前一年，波尔图夺得葡超、葡萄牙杯、欧联杯“三冠王”。 假期结束后，穆里尼奥发现很多球员开始漂移，有的球员开始迟到，有的球员出现了轻伤。 他们感到痛苦就开始请假，甚至一些之前愿意接受批评的球员也不能再接受批评了。 穆里尼奥意识到问题的严重性，开始对球队进行整顿。 他知道，再这样下去，队伍必败无疑。
穆里尼奥做的第一件事就是送走了欧联功臣塞尔吉尼奥，因为当他回到球队后，他竟然增重了8磅。 穆里尼奥认为自己不够自律。 后来，穆里尼奥在比赛进行到20分钟后波尔图欧冠冠军 曼联球被吹掉，就将他的心腹马内换下场，并批评了他的表现。 穆里尼奥后来说：【这些都是我故意的，因为我希望引起球员们的反应。 】 当然，这些还不够。 随后穆里尼奥送走了不愿接受批评的博尔迪加、卡普舒和克莱顿，随后又买下了门德斯、麦卡锡和博辛瓦。
球队重组之后，球队也得开启新赛季，穆里尼奥为球队设定了目标。 当时，穆里尼奥在赛季首场新闻发布会上说道：【如果我说我没有考虑欧冠，那我就是在撒谎。 当然我不认为我们有足够的实力去赢得欧冠，但是我认为我们至少要进入第二轮，而进入第二轮之后我们的目标是击败一个豪门，那么就是一个额外的奖励，所以也许我们已经完成了任务。 】 可见，穆里尼奥一开始并不相信自己的球队能够赢得欧冠冠军，但最终他做到了。
新赛季伊始，穆里尼奥就开始备战各项赛事。 为了更好地备战比赛，他练习了两种阵型。 一是他后来经常使用的433阵型，二是442菱形中场。 站位，这也是穆里尼奥经常使用的战术。 尽管穆里尼奥经常改变战术，但波尔图仍然是葡超联赛中不可多得的对手。 本赛季，波尔图在34场联赛中取得25胜7平2负的战绩，打进63球，仅丢19球。 而且球队曾一度接近不败夺冠，但波尔图在联赛倒数第二轮出现失误，球队0-2不敌维森特。 倒数第二轮，波尔图因备战欧冠进行轮换，球队0-1不敌里奥阿。 不过需要说的是，这两场失利都是波尔图夺得联赛冠军时输掉的。 不然穆里尼奥或许就能不败夺冠。
本赛季波尔图的重点是欧冠，而波尔图晋级欧冠小组赛后的第一个对手是曼联。 穆里尼奥当时告诉球员们：【我不在乎去英格兰的结果是什么，我们需要在这里赢1球，即使0-0也可以（当时有一个客场进球），所以我们不能冒险。 你只能在对方半场丢球波尔图欧冠冠军 曼联球被吹掉，因为他们的前锋速度非常快，而且非常善于利用越位机会。 】显然穆里尼奥的战术是成功的。 在巨龙球场，波尔图以2-1战胜曼联。 而且，这也让弗格森爵士勃然大怒。 弗格森赛后愤怒批评穆里尼奥：【波尔图的球员只能表演，他们的教练只能向裁判施压。 这是一种不公平竞争。 】
第二轮比赛，穆里尼奥并没有做出太多的战术安排。 他只是告诉队员们：【别有压力，我们第一轮就击败了他们。 失球并不重要，只要再进一球就可以出线。 】 半场结束，波尔图0-1落后。 穆里尼奥回到更衣室，没有批评任何人。 他只是说道：【我对你上半场的表现很满意。 没有必要冒险。 控制球，控制比赛，然后进球。 0比1对我们来说是一个很好的结果。 下半场我们直到第25分钟才会施压，我会安排考斯卡斯向对方后卫施压。 】显然，穆里尼奥希望在下半场继续消耗曼联的体力和耐心，在最后25分钟再试一试。 穆里尼奥成功了，赛后穆里尼奥在老特拉福德疯狂庆祝。 不过，穆里尼奥后来对自己的行为感到羞愧，因为让他没想到的是，赛后弗格森和队长内维尔亲自前来祝贺穆里尼奥。
随后，穆里尼奥的球队对阵里昂。 穆里尼奥对抽签结果非常满意。 比赛中，他更关心下一个对手是谁，因为他不想遇到米兰。 穆里尼奥想要离开。 更远。 当拉科队首轮1-4输给米兰时，穆里尼奥就已经开始研究米兰了。 然而，在第二轮比赛中，努诺告诉穆里尼奥，拉科鲁尼亚逆转米兰后波尔图欧冠冠军 曼联球被吹掉，穆里尼奥显得有些高兴，努诺甚至直接告诉穆里尼奥：【团长，我们已经进入决赛了。 。 】
穆里尼奥知道拉科队是客场之虫，所以他希望在主场结束战斗。 毕竟那个赛季拉科队客场3-8输给了摩纳哥。 但遗憾的是，计划不如变。 这场比赛，波尔图球员似乎都不在场。 穿上射门靴，双方最终战成0-0。 穆里尼奥对第二轮非常担心，因为拉科鲁尼亚的主场战绩非常强劲。 第二轮开始前，波尔图也遇到了不小的麻烦。 当然，这些麻烦都是对方球迷造成的。
第二轮比赛开始后，穆里尼奥的战术让所有人大吃一惊。 波尔图一开始就疯狂进攻，因为当时拉科鲁尼亚主场的攻击力非常强。 连米兰都不敢在主场对阵拉科鲁尼亚，但波尔图却这么做了。 而且穆里尼奥还指示手下球员通过增加伤病来降低比赛强度，这显然很有用，打乱了拉科的进攻节奏。 下半场比赛戴尔进球后，穆里尼奥的球队开始低位防守，开始拖延时间，最终赢得了胜利。 然而，即便如此，他们还是从对手那里得到了一切。 赛后，拉科前锋卢克来到穆里尼奥面前说道：【穆里尼奥，太棒了。 】
击败拉科后，穆里尼奥飞往伦敦观看切尔西对阵摩纳哥的比赛。 他的目的是考察对手，却没想到自己也被切尔西针对。 看完摩纳哥的比赛后，穆里尼奥回到了球队。 决赛开始前，穆里尼奥告诉球员们：【我知道盖尔森基兴的大多数球迷都会支持我们。 如果这一天成为我们无法忘记的一天，就让这场比赛永远留在我们的记忆中吧。 尽情发挥并击败你的对手。 我确信我的球队比德尚的球队更好，从第一天起我就确信我们会赢得冠军。 】
随后，波尔图在决赛中3-0击败对手，穆里尼奥的名字轰动了整个欧洲。 许多球队向穆里尼奥发出了邀请。 不过，第一个邀请穆里尼奥的人并不是切尔西，而是利物浦。 那么穆里尼奥在波尔图第三年的经历就分享到这里。 明天就是切尔西时期了！
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